Ο Εμμανουήλ Παπάς γεννήθηκε στο χωριό Δοβίστα το 1773,ένα χωριό κοντά στις Σέρρες που σήμερα έχει το όνομα του. Ο πατέρας του Δημήτριος πλούσιος προύχοντας της περιοχής, νεότατος χειροτονήθηκε ιερέας και τιμήθηκε με το εκκλησιαστικό αξίωμα του Οικονόμου. Με την γυναίκα του Φαίδρα απέκτησε 11 παιδιά, 8 αγόρια και 3 θυγατέρες.
Ο γιός του Ιωάννης σκοτώθηκε με τον Παπαφλέσα στο Μανιάκι, ο Νικόλαος σκοτώθηκε στο Καματερό πολεμώντας με τον Γεώργιο Καραϊσκάκη, ο Αναστάσιος αγωνίσθηκε στην άμυνα του Μεσολογγίου, ενώ ο Αθανάσιος, ο μεγαλύτερος υιός του, αποκεφαλίσθηκε στη Χαλκίδα.
Ξεκίνησε με πολύ λίγες γραμματικές γνώσεις, όπως φαίνεται από τις ιδιόχειρες σημειώσεις του καθώς και με λίγα χρηματικά μέσα, όπως γενικά όλοι οι Έλληνες της εποχής. Ίσως η πρώτη αρχή να ήταν το μπακάλικο της Δοβίστας που είχε αγοράσει ο αδερφός του Γιωργάκης Οικονόμου. Ευφυής και τολμηρός γρήγορα εξελίχθηκε σε μεγαλέμπορος των Σερρών με καταστήματα στην Κωνσταντινούπολη και στη Βιέννη, κατάφερε να αποκτήσει σημαντική περιουσία, κινητή και ακίνητη, να γίνει δανειστής των τούρκων αγάδων και μπέηδων της περιοχής, να συνάψει στενές σχέσεις μαζί τους και να τους επηρεάζει πολύ, προ πάντων τον πανίσχυρο τοπάρχη Ισμαήλ Μπέη, που ήταν στη Μακεδονία ο αντίποδας του Αλή-Πασά της Ηπείρου.